研究所成立于1997年，是深圳证券交易所设立的高层次证券研究专门机构，设有国内证券业成立最早、规模最大的博士后工作站和国内第一份证券类专业理论期刊《证券市场导报》。

深交所研究所以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧紧围绕打造安全、规范、透明、开放、有活力、有韧性的资本市场，聚焦建设世界一流交易所中心工作，坚守资本市场工作的政治性、人民性，以防风险、强监管、促高质量发展为主线，致力于开展基础性、前瞻性和战略性重大课题研究，注重调查研究、实证研究和理论研究，深挖第一性原理，依托交易所在数据、渠道等方面的独特资源和平台优势，经过长期积累、跟踪研究，逐步形成一批研究细分领域中的专长和品牌性研究成果，在业界具有广泛影响，为监管部门制定政策和决策、进行制度和产品创新、加强公司和市场监管提供重要参考。从多层次市场体系到多元化产品体系，从股权分置改革到注册制改革，资本市场的每一次重大改革发展，均有重要研究报告作为决策支持。

深交所研究所累计承担十余项国家自然科学基金课题、近百项中国博士后科学基金课题，研究成果在《经济研究》《金融研究》《管理世界》、Journal of Financial Economics、Journal of Econometrics等境内外一流期刊发表。2001年起，深交所研究所先后四次获得中央金融工委授予的“青年文明号”称号。

深交所博士后工作站成立于1999年，截至2024年底，已累计招收了25批共225名博士后，为我国经济金融领域培养了大量的理论和实践人才。2010年、2015年两度被国家人力资源社会保障部和全国博士后管理委员会评为“全国优秀博士后科研工作站”。

《证券市场导报》办刊始终站在证券金融理论和实践的前沿，逐步发展成为国内证券研究领域的前沿期刊、连接学界与业界的学术交流平台，多次荣获广东省优秀社会科学期刊奖，2001年被国家新闻出版署选入中国期刊方阵“双效”期刊阵列，持续入选北大《中文核心期刊要目总览》、中国人文社会科学期刊AMI综合评价（A刊）核心期刊、中文社会科学引文索引（CSSCI）经济学来源期刊等国内重要核心期刊或来源期刊目录。